Costruita alla fine del XII secolo, la chiesa infatti fu più volte rimaneggiata nel corso dei secoli, fino alla soppressione avvenuta in epoca napoleonica - nel 1797 - ed alla demolizione del convento annesso nel 1935.
Divenuta prima sede dell’Archivio notarile e poi spazio espositivo comunale, oggi lo spazio si impone nel quartiere del Carmine grazie alla maestosa facciata, in stile neogotico, caratterizzata da un’enorme trifora ad archi acuti, nonché dal leone rampante - simbolo cittadino - ed i santi patroni Faustino e Giovita.
Le opere un tempo conservate nella chiesa sono oggi tutte disperse o non più rintracciabili. L'organo a canne (ex chiesa dei Ss. Filippo e Giacomo in Brescia) fu trasferito presso la cappella privata di Palazzo Rota a Bovezzo nel 1812.
La chiesa e il vasto convento annesso vengono fondati da un gruppo di Umiliati alla fine del XII secolo.
Nel 1571, la direzione del convento viene affidata alle suore dei Santi Pietro e Marcellino.
Nel 1670, la chiesa viene riedificata su progetto di Giovanni Antonio Girelli
Nel 1797 il convento viene soppresso dal governo napoleonico
Nel 1890 per allargare la strada secondo quanto previsto dal piano di risanamento del 1887, l'abside viene troncata, portando all'inversione dell'orientamento della chiesa e costruendo una nuova facciata sulla via.
Nel 1935 la costruzione della Casa del balilla (oggi convertita a scuola elementare Calini) porta alla demolizione degli altri settori dell'antico complesso.